Údržba a čištění ohřívačů se v českých domácnostech často zanedbává, přitom jde nejen o životnost samotného spotřebiče, ale v extrémních případech i o zdraví. Při nedostatečné péči se zvyšuje množství energie potřebné pro ohřev, případně se snižuje přesnost jejího měření. Především v oblastech s tvrdou vodou je potřeba pravidelně odstraňovat nánosy vodního kamene na vnitřních stěnách nádoby, topném tělese a termostatu.
Zjistit stav ohřívače je jednoduché – vypusťte zásobník a poté opticky zkontrolujte množství nánosů. Měkké usazeniny stačí otřít hadrem nebo odstranit proudem vody. Tvrdé nánosy je pak potřeba odstraňovat velmi opatrně dřevěným předmětem tak, aby nedošlo k poškození smaltu. Vyměňujte také 1× za 2,5–5 let hořčíkovou tyč, jejíž účelem je ochrana před korozí.
Při delší odstávce, např. při návratu z dovolené, vyměňte v bojleru vodu. Je to vhodná prevence proti množení bakterie legionella.
Ta způsobuje tzv. „legionářskou nemoc“, která se projevuje jako akutní a několik týdnů trvající zápal plic. K množení bakterií dochází v teplé vodě, přibližně do 60 °C. Nebezpečí zde představují především nevhodně velké bojlery, které nejsou často využívané a kde je teplota ohřevu stabilně nastavená pod hranici 60 °C, nejčastěji kvůli úspoře energie.
V takovém případě je potřeba pravidelně upouštět vodu do odpadu tak, aby docházelo k její dostatečné cirkulaci. Alternativou je přechodné zvýšení teploty na 65–70 °C, při níž bakterie zahynou. Některé bojlery jsou vybaveny antibakteriálním programem, který v případě potřeby teplotu automaticky sám dočasně zvýší.